忍者神龟第二季上演。克朗的变异原遍及纽约，各种变异生物纷纷登场。科比、刺头、巴克斯特·斯多克曼等亦变异为各种生物。同时，与03版相对应，忍者神龟的人类正义伙伴凯西闪亮登场。唐井也得知了自己的真实身份。然而，施莱德的黑手正在悄悄袭来。
